Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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X

Z

_

~

- l -

• large_alignment_band_padding : vg::VariantAdder
• larger_prime : vg::ShuffledPairs
• last : vg::Counts, vg::FeatureSet::Feature
• last_checkin : vg::Watchdog::thread_state_t
• last_component : vg::ZipCode::chain_code_t
• last_correct_stage() : vg::Funnel
• last_group_min_id : vg::StreamIndexBase
• last_node_length : vg::PathIndex
• last_progress : vg::Progressive
• last_tagged_stage() : vg::Funnel
• latest() : vg::Funnel
• layout_order : vg::DagifiedGraph
• layout_order_of_handle() : vg::DagifiedGraph
• LazyRNG() : vg::LazyRNG
• lcp : vg::BaseMapper
• left : vg::Primer
• left_align : vg::Surjector
• left_border : vg::Viz
• left_degree() : vg::VG
• left_ends : vg::ConstructedChunk
• left_full : vg::GaplessExtension
• left_handle_trans : vg::JoinedSpliceGraph
• left_maximal : vg::GaplessExtension
• left_primer : vg::PrimerPair
• left_seed_node() : vg::JoinedSpliceGraph
• left_splice_node() : vg::JoinedSpliceGraph
• left_splice_offset : vg::JoinedSpliceGraph
• left_subgraph : vg::JoinedSpliceGraph
• left_telomere_node : vg::PhasedGenome::Haplotype
• LegacyCaller() : vg::LegacyCaller
• len : vg::SeqComplexity< MaxOrder >
• length : haplo::haplo_DP_column, haplo::hDP_gbwt_graph_accessor< GBWTType >, MappingRun, ReferenceInterval, vg::algorithms::Anchor, vg::algorithms::GFAParser, vg::algorithms::GFAzParser::PendingRGFAVisit, vg::algorithms::walk_t, vg::BitString, vg::GaplessExtension, vg::HaplotypePartitioner::Subchain, vg::mapping_t, vg::MaximalExactMatch, vg::MEMAccelerator, vg::MinimizerMapper::Minimizer, vg::Primer, vg::VG, vg::WFAAlignment, vg::WFANode, vg::ZipCode::chain_code_t, vg::ZipCode::node_code_t, vg::ZipCode::snarl_code_t
• lengths : vg::FragmentLengthDistribution
• less_than() : vg::StreamSorter< Message >
• likelihood_ln : vg::Genotyper::Affinity
• likelihoods() : vg::VG
• likely_mate_positions() : vg::Mapper
• likely_mismapping() : vg::MultipathMapper
• likely_misrescue() : vg::MultipathMapper
• limit() : MappingRun
• line() : vg::TSVExplainer
• line_number : vg::algorithms::GFAFormatError
• linear_product_size : vg::PrimerPair
• linear_structure : vg::HaplotypePartitioner::Parameters
• list_names : GBWTConfig
• literal_target_memory_usage() : vg::IndexingPlan
• load() : vg::Packer, vg::Packers, vg::Paths, vg::StreamIndexBase, vg::Translator
• load_alignments() : vg::MSAConverter
• load_bed() : vg::FeatureSet
• load_from() : vg::Haplotypes
• load_from_file() : vg::Packer
• load_gbz() : GraphHandler
• load_pack_as_supports() : vg::SupportAugmentedGraph
• load_primers() : vg::PrimerFinder
• load_supports() : vg::SupportAugmentedGraph
• load_translations() : vg::AugmentedGraph
• Lock() : vg::GraphSynchronizer::Lock
• lock() : vg::GraphSynchronizer::Lock
• locked_nodes : vg::GraphSynchronizer::Lock, vg::GraphSynchronizer
• locus_to_variant() : vg::Genotyper
• log_alignment() : vg::MinimizerMapper
• log_base : vg::LoggedGapAlignmentScorer, vg::MappingQualityCalculator, vg::MatrixAlignmentScorer, vg::SpliceStats
• log_bits() : vg::MinimizerMapper
• log_continue_factor() : haplo::haploMath::RRMemo
• log_continue_probability : haplo::haploMath::RRMemo
• log_likelihood_approx_factor : vg::MultipathMapper
• log_name() : vg::MinimizerMapper
• log_population_size() : haplo::haploMath::RRMemo
• log_reads : GiraffeMainOptions
• log_recombination_penalty() : haplo::haploMath::RRMemo
• log_target() : vg::MCMCGenotyper
• LoggedGapAlignmentScorer() : vg::LoggedGapAlignmentScorer
• Logger() : vg::Logger
• logger : GBWTConfig, HaplotypesConfig, vg::NGSSimulator, vg::Sampler
• logRRDiff() : haplo::haploMath::RRMemo
• logS() : haplo::haploMath::RRMemo
• logS_bases : haplo::haploMath::RRMemo
• logT() : haplo::haploMath::RRMemo
• logT_base : haplo::haploMath::RRMemo
• LONG_LIMIT : vg::MinimizerMapper
• long_opt : vg::BaseOption< Value, Parser >
• long_options : vg::ConfigurableParser
• long_options_used : vg::ConfigurableParser
• long_read_minimizer_k : vg::IndexingParameters
• long_read_minimizer_W : vg::IndexingParameters
• long_read_minimizer_w : vg::IndexingParameters
• long_ref_contig : vg::Deconstructor
• longest_detectable_gap() : vg::EditAlignmentScorer
• longest_detectable_gap_in_range() : vg::MinimizerMapper
• longest_match_len() : vg::PrimerFinder
• longest_paths_in_forest() : vg::IntegratedSnarlFinder::MergedAdjacencyGraph
• looks_like_gfaz() : vg::algorithms::GFAzParser
• lookup_for_read_in() : vg::MinimizerMapper::read_alignment_index_t
• lookup_in() : vg::MinimizerMapper::alignment_index_t
• loop_left : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• loop_right : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• low_complexity_p_value : vg::Surjector
• lower_bound_heuristic : vg::TargetValueSearch
• lowercase_warned_alt : vg::Constructor
• lowercase_warned_sequences : vg::Constructor
• lru_cache_size : vg::Packer